大多数的精油都是无毒的，且只要合理地使用就不会有危险，也就是说，只要依照本书说明，由负责的芳疗师指导，使用少量且稀释的精油是很安全的，不过，还是有少许精油即使用量很少仍有相当毒性，另外如果长期使用某些精油，也可能会导致中毒，还有些人的体质较为特殊，比一般人容易受到精油的伤害。如婴儿、幼童、孕妇、癫痫症患者和老年人，因些使用精油时要特别小心。 一般的治疗中不会使用毒性很高的精油，且这类精油也不易买到。不过，有几种精油算是“危险边缘”的精油：它们具有相当毒性，却很容易买到，使用时要特别注意。特别是从法国进口但却没有任何警告标示的几种危险精油。这是因为在法国，大部分的芳疗师都具有医师资格，必须修毕一般医药训练课程后才能接受精油的使用训练，因此他们都很了解这类精油的危险性。使用这类精油必须非常小心，还必须非常清楚它们对身体的影响，如果不慎误用，还可能会导致死亡！顺势治疗师和对抗治疗师的疗方中，也会用到微量的有毒植物，但这不表示非专业人士及没有医学背景的芳疗师（几乎包括全英国的芳疗师）可以自行使用这类精油。 苦杏仁精油的危险性很高，因为它含有氰化物（作为按摩基础油的杏仁油，是非常安全的甜杏仁油）。作为增添食物美味的杏仁精质，多半是已通过化学步骤去氰化物，或是用人工法合成的杏仁油。 常以法国名称“阿妮丝”出售的洋茴香精油，如果长期使用会产生非常严重的症状。它会破坏神经系统和循环系统，且和毒品与麻醉药物一样会使人上瘾。因此，最好避免长期使用同种精油，以免体内残存的精油分子聚积、毒害身体。就算是最安全的精油，一旦长期使用，身体还是会对它失去反应。因此，最好经常变换所使用的精油种类，或是每隔一段时间就暂停使用该种精油。 毒性很高的精油通常都会伤害肾脏或肝脏，而长期使用“危险边缘”的精油也有相同的影响。这是因为这几种器官可以过滤体内的有毒物质，因此各类毒物很容易就聚积在这些脏器内。 强调一点：精油的中毒情况，并不只有口服精油才会产生。口服精油是最危险的使用方式，也不建议使用口服精油的方式。绝大多数负责的芳疗师都认同这个观点。而专业芳疗师组成的各种团体、机构也要示他们的会员不要使用内服精油的方式。 　　不论是吸入或涂搽在皮肤上，精油都可以迅速地被人体吸收、进入血液。这就是芳香疗法的治疗原理，但这也暗示着：有毒精油也可以透过同样的方式迅速进入人体。